La tercera temporada consta de 24 episodios, comenzó su emisión en los Estados Unidos el 5 de septiembre de 2006 y concluyó el 29 de mayo de 2007.
Shore ideó el concepto de House luego de su experiencia personal como paciente en un hospital escuela. Shore dijo: «Sabía, apenas dejé la habitación, que los médicos estarían burlándose de mí por mi ignorancia, y pensé que sería interesante ver un personaje que lo hiciese antes de que los pacientes abandonasen la habitación». Una idea central que permaneció desde la concepción de la serie es que este debería tener una discapacidad. Inicialmente se manejó la posibilidad de que House anduviera en silla de ruedas, pero la FOX lo rechazó y al final optaron por convertirla en una herida en su pierna que lo obligara a deambular con bastón.
Capítulos primera temporada
Capitulo Número: 1
Título: «Sentido»
Director(es): Deran Sarafian Guionista(s): Lawrence Kaplow, David Shore, Russel Friend y Garrett Lerner.
Estrella(s) invitada(s): Kathleen Quinlan, Edward Edwards, Clare Kramer y Carter Jenkins.
Diagnóstico: El hombre tenía la Enfermedad de Addison mientras que la chica sufría de escorbuto.
Capitulo Número: 2
Título: «Caín y Abel»
Director(es): Daniel Sackheim Guionista(s): Russel Friend
Estrella(s) invitada(s): Sheryl Lee, Skyler Gisondo y Johnny Sneed.
Diagnóstico: Quimerismo.
Capitulo Número: 3
Título: «Consentimiento informado»
Director(es): Laura Innes Guionista(s): David Foster
Estrella(s) invitada(s): Joel Grey y Leighton Meester.
Diagnóstico: Amiloidosis, tipo de proteína AA (terminal).
Capitulo Número: 4
Título: «Líneas en la arena»
Director(es): Newton Thomas Sigel Guionista(s): David Holselton
Estrella(s) invitada(s): Braeden Lemasters, Heather Kafka, Geoffrey Blake y Leighton Meester.
Diagnóstico: Ascariasis, que debido a la circulación sanguínea, llegó a sus ojos tras comer arena.Tambien el niño autista le regala su juego de video en forma de agradecimiento.
Capitulo Número: 5
Título: «Engañados por el amor»
Emisión: 30 de enero de 2007 en España, 31 de octubre de 2006 en EE.UU.
Director(es): David Platt Guionista(s): Peter Blake
Estrella(s) invitada(s): Jurnee Smollett, Raviv Ullman y David Morse.
Diagnóstico: Angioedema hereditario. Ambos tenían el mismo padre, por eso, la misma enfermedad.
Capitulo Número: 6
Título: «Que será será»
Director(es): Deran Sarafian Guionista(s): Thomas L. Moran y Mary Elizabeth Ellis.
Estrella(s) invitada(s): Pruitt Taylor Vince
Diagnóstico: Cáncer de pulmón de células pequeñas.
Capitulo Número: 7
Título: «El hijo del hombre en coma»
Director(es): Dan Attias Guionista(s): Doris Egan
Estrella(s) invitada(s): Zeb Newman y John Larroquette.
Diagnóstico: Tenía fibras rojo-rasgadas, enfermedad mitocondrial.
Capitulo Número: 8
Título: «Guacamole»
Director(es): Daniel Sackheim Guionista(s): Pamela Davis
Estrella(s) invitada(s): Patrick Fugit, Cassi Thomson y Tanner Blaze.
Diagnóstico: El chico tiene granulomatosis crónica.
Capitulo Número: 9
Título: «Buscando a Judas»
Director(es): Deran Sarafian Guionista(s): Sara Hess
Estrella(s) invitada(s): Alyssa Shafer, Paula Cale y Christopher Gartin.
Diagnóstico: Protoporfiria eritropoyética, es alérgica a la luz. No se ha notado antes debido a que la niña pudo resistir las reacciones alérgicas hasta entonces.
Capitulo Número: 10
Título: «Feliz pequeña Navidad»
Director(es): Tony To Guionista(s): Liz Friedman
Estrella(s) invitada(s): Meredith Eaton-Gilden y Kacie Borrowman.
Diagnóstico: Histiocitosis de las células de Langerhans.
Capitulo Número: 11
Título: «Palabras y hechos»
Director(es): Daniel Sackheim Guionista(s): Leonard Dick
Estrella(s) invitada(s): Tory Kittles, Jason George y Meagan Good.
Diagnóstico: Tenía Mengioma espinal que le provocaba al paciente la creación de recuerdos falsos, lo que dio lugar también al Síndrome del corazón roto y Andropausia.
Capitulo Número: 12
Título: «Un día, una habitación»
Director(es): Juan José Campanella Guionista(s): David Shore
Estrella(s) invitada(s): Geoffrey Lewis, Katheryn Winnick
Diagnóstico: La paciente tiene infección por Chlamydia, además está embarazada producto de una violación. El hombre tiene un Tumor canceroso inoperable en el Pulmón derecho.
Capitulo Número: 13
Título: «Una aguja en un pajar»
Director(es): Peter O’Fallon Guionista(s): David Foster
Estrella(s) invitada(s): Wendy Makkena, Jake Richardson, Jessy Schram y Arabella Field.
Diagnóstico: Múltiples perforaciones en órganos debido a un mondadientes que deambuló por todo su cuerpo.
Capitulo Número: 14
Título: «Insensible»
Director(es): Deran Sarafian Guionista(s): Matthew V. Lewis
Estrella(s) invitada(s): n/d
Diagnóstico: Tenía difilobotriasis (Diphyllobothrium), una especie de tenia (solitaria) de 7 metros en el intestino. La tenia sustrae nutrientes, lo cual puede causar déficit de vitamina B12.
Capitulo Número: 15
Título: «Medio lelo»
Director(es): Katie Jacobs Guionista(s): Lawrence Kaplow
Estrella(s) invitada(s): Dave Matthews (Patrick), Kurtwood Smith (Dr. Obyedkov)
Diagnóstico: Tenía la mitad derecha del cerebro muerta a causa de un accidente que se produjo 25 años atrás.
Capitulo Número: 16
Título: «Top-Secret»
Director(es): Deran Sarafian. Guionista(s): Thomas L. Moran.
Estrella(s) invitada(s): Marc Blucas y Annie Quinn.
Diagnóstico: telangectasia hemorrágica hereditaria, una enfermedad hereditaria que destruía sus capilares.
Capitulo Número: 17
Título: «Posición fetal»
Director(es): Matt Shakman Guionista(s): Garrett Lerner, Russel Friend
Estrella(s) invitada(s): Tyson Ritter (el mismo), Anne Elizabeth Ramsay (Emma)
Diagnóstico: Síndrome del espejo (Emma); Hidropesía fetal (Bebé).
Capitulo Número: 18
Título: «Transmisión aérea»
Director(es): Elodie Keene Guionista(s): David Hoselton
Estrella(s) invitada(s): Jenny O’Hara (Fran), Meta Golding (Robin), Jamison Yang (Peng)
Diagnóstico: El pasajero de Singapur padece Síndrome de descompresión contraído por subir a alturas extremas en poco tiempo/ La tripulación enferma sufren de Histeria colectiva (que es más susceptible en mujeres) / La anciana tenía Intoxicación por fungicida con Bromuro de metilo.
Capitulo Número: 19
Título: «Actúa de acuerdo a tu edad»
Director(es): Daniel Sackheim Guionista(s): Sara Hess
Estrella(s) invitada(s): Joel David Moore (Eddie), Carla Gallo (Janie), Slade Pearce (Jasper), Bailee Madison (Lucy), E. Erich Anderson (Deran).
Diagnóstico: El padre les transmitía pequeñas cantidades de hormonas masculinas que el consumía para aumentar su virilidad , a través de la piel por contacto con los abrazos a sus hijos.
Capitulo Número: 20
Título: «Adiestramiento»
Director(es): Paul McCrane Guionista(s): Doris Egan
Estrella(s) invitada(s): Jane Adams; Monique Curnen
Diagnóstico: Sepsis por Staphylococcus aureus.
Capitulo Número: 21
Título: «Familia»
Director(es): David Straiton Guionista(s): Liz Friedman
Estrella(s) invitada(s): Adina Porter
Diagnóstico: Histoplasmosis.
Capitulo Número: 22
Título: «Resignación»
Director(es): Martha Mitchell Guionista(s): Pam Davis
Estrella(s) invitada(s): Piper Perabo
Diagnóstico: Infección bacteriana debido a la tentativa del suicidio.
Capitulo Número: 23
Título: «El Cretino»
Director(es): Daniel Sackheim Guionista(s): Leonard Dick
Estrella(s) invitada(s): Nick Lane
Diagnóstico: Hemocromatosis.
Capitulo Número: 24
Título: «Error humano»
Director(es): Katie Jacobs Guionista(s): Thomas L. Moran & Lawrence Kaplow
Estrella(s) invitada(s): Omar Ávila, Mercedes Renard
Diagnóstico: Un defecto congénito: la paciente tiene un tercer ostium (orificio aórtico y pulmonar del corazón) cuando se deben tener dos, lo que hace el tercero es causar inflamación y lanzar coágulos interponiéndose en el camino del angiograma.
